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我校《黑龍江大學(xué)自然科學(xué)學(xué)報》與科學(xué)出版社經(jīng)過友好協(xié)商，達(dá)成合作協(xié)議，成為其合作伙伴。從2009年第3期開始，《黑龍江大學(xué)自然科學(xué)學(xué)報》將由科學(xué)出版社出版，以提升品牌影響力。

科學(xué)出版社是我國最大、最具影響力的綜合性科技出版機(jī)構(gòu)，以其為基礎(chǔ)組建的中國科學(xué)出版集團(tuán)是國內(nèi)最具影響力的出版集團(tuán)之一，旗下有包括《中國科學(xué)》雜志社為代表的眾多的國內(nèi)一流專業(yè)期刊。為了打造中國科技出版業(yè)的“航空母艦”，以與國外的科技出版巨頭競爭，科學(xué)出版社在國內(nèi)嚴(yán)格篩選質(zhì)量高、特色鮮明的優(yōu)秀科技期刊，成為其加盟期刊。由于其要求嚴(yán)格，截止到2008年底，在全國5100種科技期刊中僅吸收199種刊物加盟，《黑龍江大學(xué)自然科學(xué)學(xué)報》成為黑龍江省第一批加盟期刊。

經(jīng)過幾年的跨越式發(fā)展，《黑龍江大學(xué)自然科學(xué)學(xué)報》取得了長足的進(jìn)步，目前被《中文核心期刊要目總覽》、《中國科學(xué)引文數(shù)據(jù)庫》（2001-2007）、《中國科技核心期刊》、《中國學(xué)術(shù)期刊綜合評價數(shù)據(jù)庫》等9個國內(nèi)機(jī)構(gòu)或數(shù)據(jù)庫收錄；被美國《化學(xué)文摘》、美國《數(shù)學(xué)評論》、美國《劍橋科學(xué)文摘社網(wǎng)站》、美國《烏利希期刊指南》、俄羅斯《文摘雜志》、《日本科學(xué)技術(shù)文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫》、德國《數(shù)學(xué)文摘》等7家國外數(shù)據(jù)庫或檢索機(jī)構(gòu)收錄；目前的機(jī)構(gòu)用戶有美國國會圖書館、日本國會圖書館、新加坡國會圖書館、法國國防部等8個國家和地區(qū)的25家海外用戶，清華大學(xué)、北京大學(xué)等2573家國內(nèi)用戶；個人讀者分布在25個國家和地區(qū)。刊物先后于2004年榮獲教育部“全國高校優(yōu)秀科技期刊二等獎”和北方八省市的“北方期刊獎”，2005年榮獲首屆“黑龍江省出版精品工程獎”，編輯部榮獲“中國高等學(xué)校自然科學(xué)學(xué)報研究會”頒發(fā)的“全國高校科技期刊先進(jìn)集體獎”，2008年榮獲教育部“中國高校優(yōu)秀科技期刊獎”，編輯部獲得“中國高等學(xué)校自然科學(xué)學(xué)報研究會”頒發(fā)的“高校科技期刊先進(jìn)集體獎”。在2008年的中國學(xué)術(shù)期刊分學(xué)科排行榜中，被列為“自然科學(xué)綜合”a類，在學(xué)報類期刊排行榜中，列為理工類學(xué)報a類。刊物的許多質(zhì)量指標(biāo)，如：他引總引比0.90、基金論文比81%、外稿率80%等，均居于國內(nèi)期刊前列。

加盟后，科學(xué)出版社將對《黑龍江大學(xué)自然科學(xué)學(xué)報》的質(zhì)量、反饋、影響、對外發(fā)行等諸多方面提供指導(dǎo)和幫助，負(fù)責(zé)其海外的推介、宣傳，并提供業(yè)務(wù)培訓(xùn)、學(xué)術(shù)交流等服務(wù)。這將有利于辦好《黑龍江大學(xué)自然科學(xué)學(xué)報》，進(jìn)一步促進(jìn)品牌的樹立與提升，推動刊物的良性發(fā)展。